Gecros permite el procesamiento de las prestaciones facturadas a través de la incorporación de las mismas en procesos «por lotes», por medio de la recepción de la información en medio magnético según un formato pre-establecido. De esta forma, se reducen sustancialmente los tiempos de procesamiento y la cantidad de personal necesario para efectuarlo.
Para los prestadores que no cuenten con los medios necesarios o cuyo volumen de prestaciones no justifique la exigencia de la presentación en medio magnético, se posibilita la carga manual de las prestaciones facturadas.
En cualquiera de los casos, el sistema controla al grabar las prestaciones si el prestador se encuentra habilitado para facturar los códigos respectivos, si el código requiere autorización previa verifica que dicha autorización esté grabada, controla si el beneficiario se encuentra activo a la fecha de la prestación y si la prestación no fue procesada previamente, generando los débitos que resulten de estas verificaciones.
Al momento de grabar las prestaciones, o bien con posterioridad, se pueden grabar los débitos que correspondan, sean administrativos o de auditoría médica.
Todas las prestaciones cargadas se asocian a las facturas respectivas a través de un número de expediente, a fin de controlar la coherencia entre el monto total facturado y las prestaciones presentadas.
También es factible que, a través de Internet y partiendo de las autorizaciones grabadas, el prestador seleccione aquellas que desea facturar, cargue la información del comprobante correspondiente y genere su presentación, pudiendo en este caso cargar posteriormente los débitos administrativos y/o médicos que resulten del control de la documentación respectiva.